Une nouvelle stratégie informatique de dépistage des médicaments combinée à des expériences en laboratoire suggère que le pralatrexate, un médicament de chimiothérapie initialement développé pour traiter le lymphome, pourrait potentiellement être réutilisé pour traiter Covid-19. Haiping Zhang des instituts de technologie avancée de Shenzhen à Shenzhen, en Chine, et ses collègues présentent ces résultats dans la revue en libre accès PLOS Computational Biology.
La pandémie de Covid-19 causant des maladies et des décès dans le monde entier, de meilleurs traitements sont nécessaires de toute urgence. Un raccourci pourrait être de réutiliser des médicaments existants qui ont été initialement développés pour traiter d’autres conditions. Les méthodes informatiques peuvent aider à identifier ces médicaments en simulant la façon dont différents médicaments interagiraient avec le SRAS-CoV-2, le virus responsable du Covid-19.
Pour faciliter le dépistage virtuel des médicaments existants, Zhang et ses collègues ont combiné plusieurs techniques de calcul qui simulent les interactions médicament-virus à partir de perspectives différentes et complémentaires. Ils ont utilisé cette approche hybride pour cribler 1 906 médicaments existants pour leur capacité potentielle à inhiber la réplication du SARS-CoV-2 en ciblant une protéine virale appelée ARN polymérase ARN-dépendante (RdRP).
La nouvelle approche de dépistage a identifié quatre médicaments prometteurs, qui ont ensuite été testés contre le SRAS-CoV-2 dans des expériences de laboratoire. Deux des médicaments, le pralatrexate et l’azithromycine, ont réussi à inhiber la réplication du virus. D’autres expériences en laboratoire ont montré que le pralatrexate inhibait plus fortement la réplication virale que le remdesivir, un médicament actuellement utilisé pour traiter certains patients atteints de Covid-19.
Ces résultats suggèrent que le pralatrexate pourrait potentiellement être réutilisé pour traiter Covid-19. Cependant, ce médicament de chimiothérapie peut provoquer des effets secondaires importants et est utilisé chez les personnes atteintes d’un lymphome terminal, de sorte que son utilisation immédiate pour les patients Covid-19 n’est pas garantie. Pourtant, les résultats soutiennent l’utilisation de la nouvelle stratégie de dépistage pour identifier les médicaments qui pourraient être réutilisés.
«Nous avons démontré la valeur de notre nouvelle approche hybride qui combine des technologies d’apprentissage en profondeur avec des simulations plus traditionnelles de la dynamique moléculaire», déclare Zhang. Lui et ses collègues développent actuellement des méthodes de calcul supplémentaires pour générer de nouvelles structures moléculaires qui pourraient être développées en de nouveaux médicaments pour traiter Covid-19.