D’où vient la résistance aux antibiotiques

En comparant des milliers de génomes bactériens, des scientifiques de Göteborg, en Suède, ont retracé l’histoire évolutive des gènes de résistance aux antibiotiques. Dans presque tous les cas où une origine a pu être déterminée, le gène a commencé à se propager à partir de bactéries qui, elles-mêmes, peuvent provoquer des maladies.

Alors que l’ADN humain n’est transmis que de parent à enfant, les bactéries ont également l’habitude de partager certains de leurs gènes entre les espèces. Cela s’applique souvent aux gènes qui rendent les bactéries résistantes aux antibiotiques.

L’utilisation et la surutilisation des antibiotiques offrent un avantage aux bactéries qui ont acquis des gènes de résistance, favorisant ainsi la propagation de la résistance et rendant plus difficile le traitement des infections. Cette évolution menace une grande partie des soins de santé modernes.

Les progrès rapides du séquençage de l’ADN au cours de la dernière décennie ont permis d’étudier l’évolution bactérienne beaucoup plus efficacement que jamais. Il s’agit d’un contexte important pour la nouvelle étude, publiée dans la revue scientifique Communications Biology.

L’équipe de Göteborg a exploré la littérature scientifique à la recherche d’allégations d’origines récentes pour les gènes de résistance aux antibiotiques, a ajouté des informations à partir de bases de données publiques de séquences d’ADN et a examiné les preuves disponibles. Alors que les bactéries productrices d’antibiotiques sont souvent supposées être la source de gènes de résistance aux antibiotiques (en tant que légitime défense), ce n’est pas ce que les scientifiques ont découvert. Aucune des espèces d’origine trouvées n’est des producteurs d’antibiotiques connus. Il est frappant de constater que toutes les espèces d’origine vérifiée, sauf une, sont connues pour causer des maladies, au moins de temps en temps.

Le professeur Joakim Larsson, auteur principal de l’étude et directeur du Centre de recherche sur la résistance aux antibiotiques de l’Université de Göteborg, CARe, commente les résultats:

«Étant donné que la très grande majorité des bactéries sont inoffensives pour nous, il était assez surprenant que ces gènes proviennent presque exclusivement de bactéries causant des maladies. D’un autre côté, cela a du sens, car ces bactéries déclenchent souvent l’utilisation d’antibiotiques lorsque nous sommes infectés, et d’autres agents pathogènes sont souvent à proximité, prêts à s’engager dans le transfert de gènes. Ces découvertes soulignent la flore intestinale riche en microbiens que les humains et les animaux domestiques reçoivent des antibiotiques comme arènes pour l’évolution de la résistance », dit-il.

Savoir d’où viennent les gènes de résistance peut éclairer les mesures visant à retarder l’émergence de gènes de résistance supplémentaires dans les cliniques. Surtout, les auteurs concluent que l’origine est encore inconnue pour plus de 95% de tous les gènes de résistance connus.

« Très probablement, la plupart d’entre eux proviennent d’espèces bactériennes non séquencées. Nous connaissons la majorité des espèces qui ont souvent tendance à résider dans l’intestin ou sur la peau de nous-mêmes et des animaux domestiques. Par conséquent, cela indique un rôle important de un réservoir de gènes beaucoup moins exploré – le microbiote environnemental. Le rôle de l’environnement en tant que source probable de résistance aux antibiotiques souligne également la nécessité de réduire les risques de développement d’une résistance dans l’environnement, par exemple en limitant les rejets d’antibiotiques dans les eaux usées « , déclare Larsson.